A
finales del siglo XIV, la disciplina se había relajado mucho en el seno de las
órdenes religiosas y el monasterio de Veruela no fue una excepción. En 1477,
fue elegido abad fray Pedro Ximénez de Embún que, tuvo la desventura de
promover al importante cargo de prior a su sobrino fray Miguel Ximénez de
Embún, por el que sentía debilidad aunque, más tarde se arrepintió de su
debilidad hacia él.
La
etapa en la que fray Pedro estuvo al frente del monasterio se caracterizó por
los continuos pleitos que, por los derechos de Veruela, tuvo que sostener.
Entre ellos, el más importante fue el suscitado con el señor de Trasmoz, D.
Pedro Manuel Ximénez de Urrea que derivó en un conflicto armado, teniendo que intervenir
el propio Fernando el Católico para imponer las treguas forales del reino. No
obstante, en el presbiterio de su iglesia, conservaron los monjes el estandarte
que había enarbolado el conde de Ribagorza, su principal valedor durante los
enfrentamientos, que era de damasco anaranjado y morado, llevando en una de sus
caras la imagen de Nuestra Señora de Veruela y en la otra la del patriarca San
José, con las armas de “su real estirpe”.